Costituisce l’archivio del governo dei luogotenenti generali che, dopo l’istituzione del Regno delle Due Sicilie, presero il posto degli aboliti viceré. La segreteria di Stato fu organizzata con il regio decreto 9 gennaio 1818 e in principio fu divisa in quattro ripartimenti, « porzioni » delle corrispondenti segreterie e ministeri di Stato residenti presso il sovrano. In seguito ai moti del 1837 che, com’è noto, provocarono la limitazione dell’autonomia siciliana, vennero emanati vari provvedimenti, tra cui il regio decreto 17 dicembre 1838 che riorganizzò la segreteria di Stato, articolandola nei ripartimenti di grazia e giustizia, affari ecclesiastici, affari interni, finanze, polizia. I ripartimenti vennero divisi a loro volta in carichi; il segretariato e gli affari esteri costituivano un solo carico, afferente al ripartimento di grazia e giustizia.